加拉巴戈群島位在許多洋流的交會處，所以海水的溫度和浮游植物的生物量的變異性很大。

– 洪堡涼流：Humboldt Current，又稱祕魯涼流，溫度低，鹽度低，構成南太平洋南赤道海流的補償流，帶給加拉巴戈群島南端豐富的營養鹽。靠東南信風驅動，主要盛行月份為 5-12 月，6-11月則是加拉巴戈群島的涼季。
– 北赤道逆流：NECC，或稱為巴拿馬洋流，溫度高但缺乏營養鹽，主要影響群島東北邊。
– 克倫威爾洋流：Cromwell Current，由西往東流，跨過大洋海盆撞上加拉巴戈群島的西部（Fernandina 島和 Isabela 島西邊）帶來寒冷但富含營養鹽的湧升流 – 屬於深層的赤道潛流 (Equatorial Undercurrent) ，所以對於漂浮在表層播遷的動物沒有幫助。大約有 95 % 的加拉巴戈企鵝的族群是生活在 Isabela 和 Fernandina 島。

其中洪堡涼流和北赤道逆流這兩道洋流會匯集成南赤道洋流（South Equatorial Current, SEC)，會往西邊流，主要影響加拉巴戈群島中部。

祖先透過洋流播遷到加拉巴戈群島的物種：
靠游泳 => 海獅、企鵝、海龜
靠漂浮木 => 鬣蜥、老鼠、大型昆蟲
靠自身漂浮 => 某些植物（例如紅樹林）、象龜