- 深 v.s. 廣 沉船是垂直的深，洞穴則是水平的深。 深的沉船保存的會比較好，可免於海浪和風暴的侵擾，同時也限制了遊客的探訪而更有探險的感覺。例如位在斯里藍卡的二戰航空母艦沉船 HMS Hermes 的深度約在 50m，這就限制了一般休閒潛水員的探訪。 洞穴雖然可能不深，但長度有可能非常地長，並且有很多分岔路，就像在玩RPG遊戲走迷宮一樣。像墨西哥的 Cenote 的深度就普遍不深。
- 減壓 v.s. 導航 沉船下深就得非常嚴肅地考慮氮醉問題、用氣量問題、氧中毒問題。因為進封閉環境很考驗心理素質，因此更要管理好氮醉問題。另外如果有緊急狀況，即使成功從沉船中撤出，也有可能因為已經需要做減壓停留，頭頂上有「虛擬的天花板」，限制了你直接回水面，因此沉船主要考驗下深以後上來的能力。 洞穴則更為考驗導航的能力，和用氣管理，因此佈繩的能力，還有從分支路線回主路線的能力等等都很關鍵。 要探索沉船，有兩種方式，你可以下很多次去熟悉沉船，就像玩超級瑪莉一樣，要過一關可以一直嘗試錯誤，然後越來越熟悉關卡所設下的障礙後，你每一次再生都會把可以到達的地方再更往前推進一點，最後就破關了。但這樣的方式要下很多次，且能見度不好時或是沉船內部塌陷改變景觀時，也可能會讓你迷路，因此後來穿越沉船也應用了洞穴潛水的佈線技術。
- Stage 難易度 洞穴因為有地方可以放 Stage 瓶，且比較不需要像沉船那樣在水中間做減壓停留，因此比較不需要像沉船潛水一樣把氣瓶都一次掛在身上，可以做所謂的 set-up 潛水。
- 海水 v.s. 淡水 通常沉船在海水，洞穴是充滿淡水，但也有淡水湖裡的沉船和海蝕洞或是淡水混合海水的洞穴。因為在淡水浮力比較小，因此去探淡水洞可以不需要那麼多配重。
- 潮汐 v.s. 泉水 海中的沉船因為在海裡，就容易受潮汐影響，能探訪的時間就會受到限制。 洞穴則是有泉水或是地下河，有可能會有湍流。
- 多個出口 v.s. 一個出口 因為沉船可能有多個出口，因此把 stage 瓶放在船的某處，怕找不到或不是按原路回去就又得繞回原入口去取，因此沉船潛水員傾向把氣瓶都掛在身上。 洞穴的話通常只有一個主要的出口，然後尋原路找回放好的 stage 瓶找到回去的路 洞穴通常主繩是永久架設好的，而沉船則是每次潛水都要自己拉繩。
- 人為 v.s. 自然 沉船因為是人造的，因此當地有沒有沉船潛水的條件端看海床的深度和歷史人文。好的沉船潛點通常會是世界大戰的戰區，例如太平洋戰爭的海軍基地，就會比一般的沉沒不久的漁船和商船更有看頭。 洞穴則得有地質條件，例如北佛羅里達、墨西哥尤加敦半島等。 也因為沉船是人工的，通常會比洞穴的結構較為不穩定，例如船體結構鏽蝕塌陷等等。洞穴當然也會有侵蝕崩塌的可能，但時間尺度上要比沉船更久，也就是沉船在短時間內的改變可能會比洞穴要更大。
- 障礙物 沉船較洞穴有較多複雜或易傷人的障礙物，例如纏人的纜線會絆住你、尖銳的金屬會割傷你等等。洞穴則要注意落石、鐘乳石等。
- 水中推進器 沉船的穿越距離比較好評估，但洞穴潛水搭配水推則要很小心，不要進了洞穴深處結果水推沒電出洞，靠自己游回出口可能會有體力問題和攜帶氣體不足的問題。
- CCR CCR 有可以減少氣泡去破壞沉船或洞穴的結構和能見的好處，同時因為可以撐的時間比較長，當發生問題需要解決時，心理上的壓力會比較小，因為你知道有更多時間可以解決問題。 此外，沉船潛水員 stage 不易，但如果有 CCR 的話可以減少掛的氣瓶的數量或體積。洞穴潛水因為後勤比較複雜，有可能需要帶著氣瓶走路或是攀岩等等，如果用 CCR 在這方面就會有優勢。